После очередного обновления случайно обнаружил, что CIS при простом копировании файлов определённого типа (*.exe, *.dll) с диска на диск изменяет время их создания/модификации/ доступа на текущее (собственно, время копирования). Также это происходит при установке программ, т. е., извлекаемые из дистрибутива файлы обретают дату установки. Ради интереса поставил CF — картина та же. Без CIS/CF всё нормально.
Большое спасибо, помогло. Надо же, почти все галочки включал/выключал, а мимо этой прошёл, думал, что “проверять” — это просто “понюхать”, но не изменять. А оно вон как… Ещё раз спасибо за отзывчивость и совет, всех благ!