После включения компьютера сначала происходит подключение к сети, запускаются разные программы, которые отображаются в трее и только потом в трее появляется значок Комодо. Значит все это время компьютер оставался незащищенным? Но за это время могло установиться из сети какая-нибудь небольшая программа.
Если есть какие-то опасения по поводу HIPS, то можно включить галку “Блокировать все неизвестные запросы, если приложение закрыто”.
По поводу фаервола…
Пока полностью не загрузится Комодо (включая GUI), фаервол откладывает все запросы от неизвестных приложений на какое-то время, а после полной загрузки уже следует запрос на запрет/разрешение соединения.
А как фаервол может откладывать запросы от неизвестных источников, если он еще не загружен, т.е. не работает?
Не загружен GUI (графическая оболочка), а драйвера и службы загружены и выполняют свои функции.
P.S. Все это когда-то смотрел на 5-ой версии.
На забагованных версиях (№6,7,8) не смотрел, т.к. ими не пользуюсь. 
До загрузки GUI все соединения, для к-рых нет заданных разрешений, блокируются.