Обнаружил проблему - при добавлении второго IP на интерфейс Comodo перестает блокировать входящий трафик. У меня стоит FTP-сервер, правилами в CIS разрешил доступ только из определенной подсети, весь входящий и блокируемый трафик журналируется. Возникла необходимость добавить на сетевуху 2-ой IP-адрес, как только его поставил заметил, что на FTP сервере появились входящие соединения с неразрешенных в CIS IP-адресов, более того CIS вообще никак не отметил эту активность в журнале. При этом правила для исходящих соединений работали как положено.
В правилах для входящих соединений только одно правило с конкретной подсети на конкретный IP-адрес, все остальные должны блокироваться.
На данный момент стоит CIS 5.0.163652.1142 32-битная версия.