У меня относительно недавно, ну может месяц назад была похожая фиговина, вроде после перезагрузки компьютера, Комодо начал ругаться на кучу программ, с которыми он до этого более года нормально сосуществовал, и как вы и написали, в основном ругался на клавиатуру и по моему ещё что-то, но клавиатура точно была.
Что это было я так и не понял, просто раздал заново разрешения и всё.